Среди 49 видов млекопитающих, зарегистрированных в районе заповедника, наиболее богато представлен отряд грызунов - 16 видов (33 %), относящихся к 6 семействам; затем идут хищные - 16 видов, 4 сем.; насекомоядные - 7 видов (14 %), 2 сем.; копытные - 4 вида, 2 сем.; рукокрылые - 4 вида, 1 сем.; зайцеобразные - 2 вида и 2 семейства.
Довольно значительная часть видов (22 %) не принадлежит к постоянным обитателям охраняемой территории. К ним относятся все виды летучих мышей, появляющиеся здесь лишь весной, в конце лета и осенью. Изредка завозится с грузами в верховья Печоры серая крыса. Единичные заходы отмечены для енотовидной собаки, барсука и косули. Периодически заходят на заповедную территорию песец и колонок. С 1982 г. регулярно регистрируются заходы кабана.
К наиболее многочисленным постоянным обитателям относятся прежде всего мелкие млекопитающие: бурозубки и полевки. В заповеднике зарегистрированы максимальные для тайги Европейского Севера показатели обилия и видового разнообразия сообществ этих зверьков, а также самые высокие периодические вспышки и массовые миграции лесного лемминга (Бобрецов, 1992). Для лесной территории заповедника характерны азиатский бурундук и летяга. К числу обычных широко распространенных видов относятся традиционные пушные звери печорской тайги: белка, лесная куница, соболь, выдра и горностай. В последние десятилетия в смешанной популяции куньих отмечается явное увеличение доли соболя (Сокольский, 1989). В начале 80-х годов началось естественное заселение верхнепечорского бассейна новым видом куньих - американской норкой, которая быстро освоила все пригодные местообитания и в настоящее время практически вытеснила аборигенную европейскую норку. Речной бобр, реакклиматизированный в заповеднике в 1938 г., в настоящее время с высокой плотностью населяет многие верхние притоки Печоры и некоторые притоки Илыча. Из крупных хищных зверей на охраняемой территории наиболее высока численность бурого медведя. Обычны, хотя и немногочисленны, росомаха и лисица, редки волк и рысь. В Уральском участке заповедника, где сосредоточены основные зимовки лося, сохраняется стабильная популяция этого вида, численность которого на сопредельной территории в настоящее время резко сократилась в результате неумеренного промысла. С середины 80-х гг. началось восстановление популяции северного оленя в равнинном участке, хотя на основной территории уже в течение трех десятилетий он остается малочисленным видом. По всему заповеднику широко распространен, однако сравнительно немногочислен заяц-беляк. В северной горной части заповедника расположены самые южные на Северном Урале поселения малочисленного реликтового зверька - северной пищухи. Этот вид, а также европейская норка, внесены в список «краснокнижных» видов Республики Коми.