Традиционным направлением эколого-просветительской работы с посетителями служат экспозиции в музее природы. Здание музея находится на центральной усадьбе заповедника, в поселке Якша.

В настоящее время фонды музея содержат большую коллекцию чучел, черепов птиц и зверей, рога, гербарий растений, а также

коллекцию предметов быта народов, населяющих междуречье Печоры и Илыча. В музее природы организуются передвижные экспозиции - фотовыставки, выставки детских рисунков.

Создание музея природы неразрывно связано с историей Печоро-Илычского заповедника. Он изначально был организован как музей при  заповеднике, коллекции формировались из полевых сборов сотрудников и именно в этом его специфика: здесь музейные предметы – биологические объекты, которые являются источниками научной информации. В экспозициях музея нашли отражение почти все виды позвоночных, населяющих территорию, а также отдельные исторические вехи народов этого края. Официальная дата открытия музея – 1 июня 1973 года.​ Первая запись в книге отзывов была сделана группой учащихся Вуктыльской средней школы Ухтинского района:

«Мы были первыми посетителями музея. Увидели редких птиц и зверей, которые обитают на территории заповедника, а также узнали много интересного о природе. Большое спасибо сотрудникам, создавшим этот музей»

Здание музея находится на центральной усадьбе заповедника, в поселке Якша. Сам поселок появился как купеческая пристань ещё в 1770-1784 годах и долгое время, до самой революции, Якша была перевалочным пунктом для потока грузов почти всех торговых путей, соединяющих Камский и Печорский бассейны.

Музейное дело для государственных природных заповедников – наиболее старое и традиционное направление эколого-просветительной работы. С 1996 года музей природы заповедника находится в ведении отдела экологического просвещения и является основной базой работы с посетителями ООПТ.

Поводом   для создания музея послужило наличие достаточно большого количества коллекционного материала. Ботанические и зоологические коллекции собирались  сотрудниками в труднодоступных местах территории заповедника и представляют огромную ценность для научных исследований.  И сейчас продолжаются работы по изучению биоразнообразия и динамики видов,  инвентаризации флоры и фауны, поэтому коллекционный материал постоянно пополняется. В настоящее время фонды музея содержат большую коллекцию чучел, академических тушек животных, шкурок млекопитающих, черепов птиц и зверей, рога,  гербарий высших растений и лишайников, а также палеонтологическую и  историческую коллекцию предметов быта и жизнедеятельности народов, населяющих междуречье Печоры и Илыча.

Основу ботанической коллекции заложила ботаник Л. Б. Ланина, работавшая в заповеднике с 1935 по 1963 год. В последующие годы коллекцию пополняли участники экспедиций, проводившие исследования территории, ботаники заповедника, в том числе В. В. Федотов, изучавший флору высших растений и Д. И. Кудрявцева, проводившая инвентаризацию лихенофлоры. В 90-х годах часть ботанической коллекции (1700 единиц) была передана в гербарий Института биологии КНЦ УрО РАН (Сыктывкар), в связи с несоответствующими условиями хранения. 

В настоящее время гербарий насчитывает 2000 листов высших растений и 96 образцов лишайников. В последнее время О.Ф. Кирсановой , сотрудником научного отдела, ведётся работа по созданию электронного каталога гербария для удобства доступа к источникам флористической информации.

Коллекция академических тушек сформирована также из  сборов научных сотрудников заповедника. Первые экземпляры датируются 1935 годом и были изготовлены первым орнитологом  заповедника  В.Г. Дормидонтовым. Большая часть териологической коллекции появилась в 1937-1938 годах, когда проводилось уточнение состава фауны заповедника. Большая заслуга в создании зоологической коллекции принадлежит А.В.  Самородову, В.П. Теплову, Е.Н. Тепловой, В.В. Теплову. В настоящее время в фондах музея хранится 630 тушек разных видов млекопитающих и птиц.

Особая гордость музея – это огромная коллекция черепов разных видов животных (1525 единиц). Большую часть из них (в основном семейства куньих) собирал в течение 35 лет старший научный сотрудник заповедника С.М. Сокольский, потом эту работу продолжил сотрудник научного отдела Л.В. Симакин.  Частная коллекция черепов мелких млекопитающих - мышевидных грызунов и насекомоядных (около 5000 экземпляров)   собрана в заповеднике ведущим научным сотрудником А.В. Бобрецовым. Кроме того, на хранении в музее находится также частная коллекция черепов мелких млекопитающих (около 20000 штук) старшего научного сотрудника И.Ф.Куприяновой, собранная в ходе многолетних исследований в разных районах Севера Европейской части России. Эти коллекции активно используются в научных исследованиях, результаты которых регулярно публикуются в печати.

Палеонтологическая коллекция небольшая и скомплектована в основном по  геохронологическому и систематическому признаку. В её составе преобладают беспозвоночные животные: кораллы, мшанки, моллюски. Костных останков позвоночных значительно меньше. Кроме научного значения окаменелостей они имеют большое учебно-познавательное значение: широко используются как демонстрационный материал для тематических экскурсий.Все упомянутые выше коллекции – это классические систематические научные коллекции, рассчитанные на непосредственную работу с входящими в нее предметами. Для экспозиционной работы, в основном используются коллекции чучел животных. Первые чучела были изготовлены В.П. Тепловым, Е.Н. Тепловой, Е.К. Кнорре. И позже изготовлением чучел занимались научные сотрудники,  в частности Ю.П. Язан (работавший с 1953 по 1964 год), а так же Г.М. Захарченко (с 1968 по 1971 год). Значительно пополнилась коллекция с приходом в заповедник в 1970 году Сафиуллина Р.Х., профессионального таксидермиста. Большая часть чучел изготовлена именно им, что существенно дополнило уже имеющийся фонд и позволило открыть музей природы. Позже, в создание новых таксидермических экспонатов, биогрупп отдельных видов, существенный вклад внесли А.М. Чивикин (с1978 по 1982 г.г.), В.В. Королёв (с 1988 по1992 г.г.), И.Н. Сивоха (с 1992 по 2001 г.г.).

В зоологическом зале на постоянной экспозиции находятся чучела и биогруппы млекопитающих и птиц. Коллекция чучел млекопитающих, птиц, земноводных и рыб насчитывает 190 экземпляров. Некоторые виды рыб, земноводные, а так же представители класса круглоротых – миноги представлены в виде влажных препаратов. Коллекции  в зоологическом зале оформлены в виде тематических разделов: по отдельным группам животных. Всегда основой  экспозиции животных в музеях  являются биологические группы и диорамы. Такая форма даёт более наглядное и образное представление об образе жизни и поведении животного, среде его обитания. Это наиболее доходчивый и содержательный способ показа. В 2007 и 2008 годах, Д.И. Кудрявцевой,  при спонсорской поддержке директора частного предприятия С.Д. Дубчака, в музее была проведена реконструкция зоологического зала и переоформление витрин с биогруппами и диорамами. Художественное оформление выполнено талантливыми художниками Стрельниковым М.В. и Сокольским С.М. Теперь каждая композиция из жизни животного – это своеобразное окно в природу.

Большой интерес представляют экспонаты животных  необычной окраски. Это шкурки белок с белыми пятнами на дымчатом фоне, темно-дымчатого, бежевого, с желтой полосой по хребту  и почти черного цвета, чучело белки-летяги светлой окраски. В 1971 году на севере Пермской области, в районе реки Березовка был осуществлен ядерный взрыв по проекту поворота северных рек на юг. Примерно через 5 лет в печорской тайге стали встречаться лоси с нетипичной для этого вида окраской шерсти.  В фондах музея имеется шкура лося аномальной белой окраски, а в экспозиции находится чучело головы белого лося.

Одна из достопримечательностей музея - это коллекция черепов  лосей, которая была передана с лосиной фермы заповедника и находится на постоянной экспозиции. Среди них есть очень интересные экземпляры, например на верхней челюсти одного из них есть небольшие клыки, другой имеет рога в виде наростов - результат кастрации самца. 

  В 2000 году к 70-летию заповедника был открыт новый краеведческий  зал. Историко-этнографическая экспозиция, созданная на средства Республиканской целевой программы поддержки заповедника и Сыктывкарского представительства Фонда Дикой природы (WWF), представляет основные направления историко-культурного развития междуречья Печоры и её притока Илыча. Начало освоения человеком северных широт (бассейна верхней Камы) относится к концу среднего или началу позднего плейстоцена. Предположительно, в это же время человек появился и в бассейне р. Печоры. Одна из древних палеолитических стоянок человека, найденных на верхней Печоре, Медвежья пещера, расположенная в 17 км выше кордона Шежым-Печорский. Здесь было обнаружено огромное скопление костей плейстоценовых животных. Череп и кости пещерного медведя, рога овцебыка представлены в постоянной экспозиции зала. Территория междуречья примечательна в культурном отношении: здесь происходит наложение и взаимообогащение культур трех народов, заселявших этот край в разные исторические эпохи.

Первопроходцами в освоении нынешней территории заповедника были ханты (остяки) и манси (вогулы). К началу XVIII века эти народности постепенно были вытеснены за Урал заселяющими среднюю Печору и Илыч коми, а верховья Печоры и ее приток Унью - русскими выходцами из Пермского края, в основном  переселенцами- старообрядцами.В экспозиции зала находится объект религиозного поклонения хантов и манси - идол. Идолов обычно устанавливали в кумирнях - специально оборудованных местах для исполнения культовых обрядов.  Святилища устраивались в  пещерах или около каменных останцев. Духовная жизнь староверов представлена старообрядческим двухсот страничным молитвословом, лестовкой из рыбьих позвонков и створами  от складней XVIII–XIX в.в. с изображениями Богородицы и некоторых святых. Старообрядцы сохраняли не только верования, но и весь старинный уклад жизни. В старообрядческих семьях дети бережно приобщались к культуре предков. Ценнейший пласт нашей культуры передавался от поколения к поколению, и, благодаря старообрядцам, дошел до наших дней.